Ancheta privind acuzațiile de fraudă cu fonduri europene a reprezentat cea mai mare provocare pentru cariera politică a lui Babis. Premierul ceh respins orice fel de acuzații. 

Ancheta a fost principala cauză pentru care unele partide politice au refuzat să coopereze cu mișcarea populistă ANO - aflată la guvernare - a lui Babis. În prezent, el conduce o coaliție minoritară împreună cu social-democrații de centru-stânga. Coaliția trebuie să se bazeze pe voturile Partidului Comunist pentru a-și asigura majoritatea în Parlament, relatează Reuters.

Dosarul împotriva lui Babis, fondatorul miliardar al grupului Agrofert, specializat în produse chimice, alimentație, agricultură și media, s-a axat pe fonduri europene în valoare de două milioane de euro acordate cu zece ani în urmă pentru construcția centrului de conferințe Stork’s Nest în afara capitalei cehe.

Poliția a susținut că Andrej Babis și-a transferat firma către soție și alte rude, astfel încât să se califice pentru finanțarea destinată întreprinderilor mici.

''Probele adunate au dus la concluzia că Stork's Nest Farm corespundea definiției de întreprinderi mici și mijlocii'', a declarat procurorul Martin Erazim într-un comunicat.

OLAF a constatat multiple încălcări ale legislației naționale și europene în cadrul acestui proiect. Între timp, Agrofert a returnat voluntar fondurile UE primite.