UPDATEVIDEO Cum se fac testele pentru coronavirus SARS-CoV-2
Metoda recomandată pentru diagnosticarea infecției cu SARS-CoV-2 este detecția ARN viral prin Real-Time RT-PCR (reverse-transcription polymerase chain reaction). Testele se fac DOAR la recomandarea medicului, fie în sistemul public, fie privat.
Este extrem de important cum este realizată testarea. Presa internațională a relatat recent despre calitatea slabă a testelor achiziționate din China de Marea Britanie. "Confruntându-se cu o vânătoare globală de consumabile sanitare, Marea Britanie a cumpărat din China milioane de kituri de testare care s-au dovedit a fi imprecise", relata recent The New York Times, articol semnalat de Universul.
The New York Times: U.K. Paid $20 Million for New Coronavirus Tests. They Didn’t Work
O întreagă saga a pornit între firmele chineze și autoritățile britanice, în care unii se acuzau pe ații, potrivit publicației citate. Firmele chineze au spus că testele nu erau destinate pentru testarea pacienților care stăteau acasă, ci pentru utilizarea în spitale. Guvernul britanic s-a grăbit să le achiziționeze, cu banii jos, în contextul crizei globale.
Potrivit The independent, două companii chineze au propus Guvernului de la Londra un lot de două milioane de truse de testare pentru detectarea de anticorpi, la un preț de 20 de milioane de dolari. Deși prețul era mare, era nenegociabil, iar banii trebuiau plătiți în avans. În plus, tehnologia nu era testată suficient, iar cumpărătorul trebuia să ia testele de la o fabrică din China.
Cu toate acestea, oficialii britanici au acceptat oferta și - conform unui funcționar - au promis că testele vor fi disponibile în farmacii în mai puțin de două săptămâni.
”Simplu ca un test de sarcină”, a lăudat testele premierul Boris Johnson.
Doar că testele nu au funcționat.
Un laborator al Universității Oxford a stabilit că testele nu sunt suficient de precise, astfel că 500.000 de teste zac acum într-un depozit. Alte 1,5 milioane de teste sunt și ele nefolosite, oficialii britanici încercând să recupereze o parte din bani pentru a mai îndulci pilula amară a acestui fiasco.
Cele două companii chineze sunt AllTest Biotech și Wondfo Biotech. Acuzații la adresa lor au venit și de la alte țări care au cumpărat teste de la ele. În replică, cele două companii au explicat că produsele lor respectă standardele de sănătate, siguranță și mediu ale Uniunii Europene, notează The New York Times. Cum criticile nu s-au potolit, ba dimpotrivă, AllTest Biotech și Wondfo Biotech i-au acuzat pe britanici că n-au înțeles cum se folosesc kiturile. Ele au susținut că testele trebuie făcute de experți, nu comercializate în farmacii.
Medicii britanici au pus la îndoială de la început eficiența testelor și entuziasmul guvernanților. Nici vorbă de vreo asemănare cu testele de sarcină. Ei au explicat că un nivel perceptibil de anticorpi poate să nu apară în sânge decât la 20 de zile de la infectare, ceea ce înseamnă că pacientul, chiar dacă e infectat cu COVID-19, până la sfârșitul acestui interval de timp va ieși în test drept negativ.
CE SE ÎNTÂMPLĂ ÎN ROMÂNIA - CUM SE EFECTUEAZĂ TESTELE
Caz confirmat: O persoană cu confirmare de laborator a infecției cu COVID-19, indiferent de semnele și simptomele clinice.
Confirmarea de laborator: Testarea se face DOAR la recomandarea medicului, atât în sistemul public cât și în cel privat de sănătate.
CÂND ESTE UN PACIENT SUSPECT
SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) aparține grupului beta-coronavirusuri, linia 2, subgenul Sarbecovirus.
Coronavirusurile sunt virusuri anvelopate, de tip ARN monocatenar cu polaritate pozitivă (ARN ss+), cu dimensiuni mari, de cca 125 nm. SARS-CoV-2 determină o infecție respiratorie denumită COVID-19 (Coronavirus infectious disease -2019), cu perioadă de incubație medie de cca 5 zile (limite 2-14 zile).
Boala este caracterizată prin simptomatologie predominant respiratorie (febră, tuse, dificultăți de respirație) de intensitate moderată în cca 80% din cazuri, dar poate avea manifestări severe (pneumonie bilaterală interstițială), cu evoluție către insuficiență respiratorie, detresa respiratorie acută (ARDS) fiind principala cauză de mortalitate.
Există și cazuri cu manifestări gastrointenstinale (mai ales diaree), iar la unii pacienți (în special la cei tineri) au fost semnalate hipo/anosmie și hipo/disgeuzie ca simptome precoce.
Codificarea CIM- 10a COVID-19U07.1 -COVID-19 cu virus identificat = valabil pentru cazurile CONFIRMATE U07.1 -COVID-19 cu virus neidentificat = valabil pentru cazurile SUSPECTE
Definiția de caz
Notă: Definiția de caz este actualizată periodic (http://cnscbt.ro/index.php/informatii-pentru-personalul-medico-sanitar)
Caz suspect 1)
- Pacient cu infecție respiratorie acută (debut brusc al cel puțin unuia din următoarele: tuse, febră, scurtarea respirației (creșterea frecvenței respiratorii) ȘIfără o altă etiologie care să explice pe deplin tabloul clinic ȘIcu istoric de călătorie internațională (sau reședință într-o locație care raportează transmiterea comunitarăa bolii COVID-19), în perioada de 14 zileanterioare datei debutului
- SAU 2) Pacient cu infecție respiratorie acută ȘI care s-a aflat în contact apropiat cu un caz confirmat cu COVID-19 în perioada de 14 zile anterioare datei debutului
- SAU 3) Pacient cu pneumonie fără altă etiologie care să explice pe deplin tabloul clinic
- SAU 4) Pacient cu infecție respiratorie acută severă (SARI) (febră sau istoric de febră ȘI tuse ȘI scurtarea respirației (creșterea frecvenței respiratorii) ȘI care necesită spitalizarepeste noapte)) ȘI fără altă etiologie care să explice pe deplin tabloul clinic.
Citește și Ministrul Sănătății a aprobat creșterea numărului de persoane testate
Recoltarea probelor
Recoltarea produselor patologice trebuie realizată imediat în
cazul unei persoane ce întrunește criteriile unui caz suspect de
infecție cu SARS-CoV-2.
- Exsudatul nazofaringian este produsul patologic optim pentru diagnostic.
- Produsele patologice pot fi recoltate, conform recomandărilor OMS și CDC, de la nivelul:
- - tractului respirator superior (exsudat nazal, exsudat faringian),
în cazurile ușoare sau asimptomatice. Pentru recoltare se recomandă
utilizarea unui tampon din fibre sintetice cu tija de plastic, deoarece
alte modele de recoltoare pot genera rezultate fals negative. [În cazul în care se recoltează atât exsudat nazal, cât și faringian,
se recomandă plasarea celor două tampoane în același tub steril,
în 2-3 ml de mediu de transport pentru virusuri (VTM).]
- - tractului respirator inferior: sputa (pentru pacienții cu tuse
productivă, inducerea sputei nu este recomandată) și/sau aspirat
endo-traheal sau lavaj bronhoalveolar pentru pacienții cu infecție
respiratorie severă. Sputa conține material mucoid sau mucopurulent ce poate perturba
eficiența testelor de detecție a acidului nucleic viral, de aceea fiind
necesară lichefierea prealabilă a acestui produs patologic cu
ditiotreitol (DTT).
- SARS-CoV-2 a fost de asemenea detectat în materii fecale și în sânge, dar nu și în urină. Un raport din China semnalează detecția acidului nucleic viral la 4 donatori asimptomatici în momentul donării, dar nu se cunoaște dacă aceasta indică prezența virusului infecțios și capacitatea de transmitere prin sânge.
Probele pereche de ser (faza acută și faza de covalescență) pot fi utile pentru diagnosticul retrospectiv al infecției cu SARS-CoV 2.
Stocarea probelor: Probele pot fi stocate la 2-8oC pentru 72 de
ore.
În cazul în care există întârzieri în testarea produsului
patologic, se recomandă congelarea la -20°C sau ideal la -70°C.
Transportul probelor
Probele pentru diagnosticul SARS-CoV 2 trebuie transportate la
laboratorul de diagnostic cât mai rapid posibil din momentul recoltării.
Transportul se realizează optim la 2-8°C (pe gheață), dacă durata de
transport este mare), în mediu de transport pentru virusuri (dacă acesta
lipsește se poate transporta în E-MEM (Eagle Minimum Essential Medium),
în tampon fosfat salin sau ser fiziologic). Mediul de transport viral poate fi preparat in house, folosind rețetele OMS,
cu mediu HBSS cu 2% ser fetal de vițel, antibiotic și antifungice. În
cazul mediilor care permit menținereala temperatura camerei pana la 24
de ore, se vor respecta recomandările producătorului.
Diagnosticul de laborator*
[*ATENȚIE: Din cauza riscului crescut de expunere la aerosoli trebuie
aplicate măsuri stricte de prevenire și control a infecției.]
Condiții de biosiguranță
Testarea produselor patologice recoltate de la o persoană ce întrunește criteriile unui caz suspect de infecție cu SARS-CoV-2 trebuie realizată în laboratoare cu nivel de biosiguranță nivel 2 (BSL-2), de către un personal calificat și antrenat conform procedurilor de biosiguranțăsi normelorde buna practică microbiologică, inclusiv in domeniul diagnosticului molecular.Izolarea virală pe culturi de celule necesită un laborator de biosiguranță nivel 3 (BSL-3) și nu este recomandată în prezent în scop diagnostic.
1. Teste pentru detecția acidului nucleic viral
Metoda recomandată în prezent pentru diagnosticarea infecției cu SARS-CoV-2 este detecția ARN viral prin Real-Time RT-PCR (reverse-transcription polymerase chain reaction).
În cazul în care este necesar, confirmarea se realizează prin secvențiere nucleotidică. Au fost dezvoltate o serie de teste in-house** sau teste comerciale pentru detectarea ARN SARS-CoV-2, care identifică genele virale pentru N (nucleocapsida), E (anvelopa), S (spike) și RdRP (RNA-dependent RNA polymerase). [**Testele in-house trebuie să corespundă protocoalelor acceptate de OMS și să fie validate prin utilizarea de materiale de referințasi/sau comparații interlaboratoare.]
Lista producătorilor autorizați de FDA se regăsește pe site-ul Food and Drugs Administration (Agenția pentru Alimente și Medicamente din SUA).
În zonele în care virusul SARS-CoV-2 este răspândit pe scară largă trebuie adoptat un algoritm de diagnostic simplu în care, de exemplu, examinarea prin RT-PCR a unei singure ținte este considerată suficientă.
În special în acest caz este recomandată utilizarea de teste validate pentru diagnostic in vitro (CE IVD). Este important de precizat că unul sau mai multe rezultate negative la testul de detecție a acidului nucleic viral nu exclud posibilitatea unei infecții cu virusul SARS-CoV-2., iar în context clinic sugestiv diagnosticul nu trebuie infirmat pe baza unui test negativ.
O serie de factori pot duce la un rezultat negativ la o persoană infectată:
- calitatea slabă a produsului recoltat, care conține puține material provenind de la pacient;
- produsul a fost colectat târziu sau foarte devreme în cadrul infecției;
- produsul nu a fost manipulat și expediat în mod corespunzător;
- motive tehnice legate de test, de exemplu mutația virusului sau inhibarea PCR.
Dacă se obține un rezultat negativ la un pacient cu un indice ridicat de suspiciune pentru infecția cu virusul SARS-CoV-2, în special atunci când au fost colectate numai probe ale tractului respirator superior, ar trebui să fie colectate și testate, dacă este posibil, produse suplimentare, inclusiv din tractul respirator inferior.
Alte variante de diagnostic care identifică acizi nucleici sau antigene virale
Testele rapide de detecție a acidului nucleic viral (Abbott ID Now, Cepheid G Xpert®Xpresspt SARS-CoV-2) sunt deja o alternativă simplă și eficientă pentrupoint of care, fără personal cu expertiză înaltă care pot fi foarte utile pentru diagnosticul rapid al personalului medicalsau pacienților simptomatici. Ele sunt recomandate înpentru situațiide urgența (ATI) și locuri în care lipsește personalul cu experiența în diagnostic molecular.
- Noi teste de detecție a acidului nucleic viral bazate pe tehnologia CRISPR-Cas12/13 sunt în curs de evaluare.
- Testele actuale de detecție a antigenelor virale pot fi relevante numai în context clinic sugestiv, datorită sensibilității/specificității variabile și valorii predictive negative scăzute (circa o treime din probele negative apar pozitive la testare). De aceea acestea nu sunt recomandate pentru screening, iar probele pozitive trebuie confirmate prin RT-PCR.
Organizația non-guvernamentală FIND enumeră 10 teste rapide de detecție a antigenului SARS-CoV-2, cu marcaj CE (conforme cu legislația UE relevantă, Directiva 98/79/CE privind IVD-urile).
Conform ECDC, din datele provenite de la autoritățile competente din 18 țări europene, numai trei astfel de teste sunt disponibile pe piața UE începând cu 26 martie 2020. (An overview of the rapid test situation for COVID-19 diagnosis in the EU/EEA. 1 April 2020. Stockholm: ECDC; 2020)
3. Secvențierea virală
Secvențierea virală poate fi utilizată situatii rare in care este necesara pentru confirmarea rezultatelor testelor de detecție a acidului nucleic viral.
Secvențierea întregului genom (whole genome și whole exome sequencing) poate furniza informații importante pentru studiile epidemiologiceși va aduce date valoroase despre tulpinile circulante și variabilitatea virală.
Prima secvență a genomului viral SARS-CoV-2 a fost pubicată online pe 10 ianuarie 2020 (virological.org; Wuhan-Hu-1, GenBank accession number MN908947), urmată de alte 4 secvențe virale depozitate în baza de date Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Sunt disponibile în prezent numeroase baze de date pentru submiterea secvențelor virale, inclusiv baza de date GISAI.
4. Izolarea virală pe culturi de celule nu este recomandată pentru diagnosticul de rutină.
5. Diagnosticul serologic
Testele serologice evidențiază anticorpii specifici SARS-CoV-2 de tip IgM și IgG.
Prezența anticorpilor specifici de tip IgM sau titrul de anticorpi specifici tip IgG din faza de covalescență de ≥4 ori mai mare comparativ cu titrul identificat în faza acută pot fi utilizate drept criteriu de diagnostic pentru pacienții suspecți de infecție SARS-CoV-2 cu rezultate negative la testele de detecție a acizilor nucleici virali.
Detecția anticorpilor specifici anti SARS CoV2 de tip IgM (suportul răspunsului imun primar) va permite evidențierea infecțiilor acute,însă cu un interval timp de latență (minim7 zile post-infecție), față de detecția acidului nucleic viral.Înlocuirea testelor de diagnostic molecular cu teste rapide de detecție a anticorpilor nu este recomandată,deoarece un test negativ poate induce o falsă senzație de siguranță la pacienți infectați datorită apariției tardive a seroconversiei.
De asemenea, testele pozitive care indică prezența IgM ar trebui confirmate cu testele de RT-PCR; un test IgM pozitiv poate apare și la persoane vindecate, ceea ce limitează foarte mult utilitatea acestei metode pentru diagnosticul infecției și limitarea transmiterii.
Testele serologice trebuie realizate numai cu teste validate,cu sensibilitate și specificitate foarte ridicată, care să limiteze rezultatele fals negative și fals pozitive.
Testele serologice vor avea relevanță în special post-epidemic pentru evaluarea seroprevalenței infecției în populația generală (IgG)și a infecțiilor asimptomatice, ca și pentru evaluarea persistenței imunității post-infecție naturală.
În context pandemic, testele serologice s-ar putea utiliza la externarea pacienților considerați vindecați, eventual după autoizolare/carantinare, în paralel cu testele de detecție ale ARN viral, testare care ar completa profilul epidemiologic, detectând seroconversia în paralel cu clearence-ul viral.Toate cazurile aflate în investigare și cazurile confirmate trebuie raportate în conformitate cu reglementările stabilite de autoritățile locale de sănătate și de centrul național de supraveghere.
Ghiduri, protocoale, cursuri adoptate la nivel internațional
CÂND ESTE UN PACIENT SUSPECT
SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) aparține grupului beta-coronavirusuri, linia 2, subgenul Sarbecovirus.
Coronavirusurile sunt virusuri anvelopate, de tip ARN monocatenar cu polaritate pozitivă (ARN ss+), cu dimensiuni mari, de cca 125 nm. SARS-CoV-2 determină o infecție respiratorie denumită COVID-19 (Coronavirus infectious disease -2019), cu perioadă de incubație medie de cca 5 zile (limite 2-14 zile).
Boala este caracterizată prin simptomatologie predominant respiratorie (febră, tuse, dificultăți de respirație) de intensitate moderată în cca 80% din cazuri, dar poate avea manifestări severe (pneumonie bilaterală interstițială), cu evoluție către insuficiență respiratorie, detresa respiratorie acută (ARDS) fiind principala cauză de mortalitate.
Există și cazuri cu manifestări gastrointenstinale (mai ales diaree), iar la unii pacienți (în special la cei tineri) au fost semnalate hipo/anosmie și hipo/disgeuzie ca simptome precoce.
Codificarea CIM-10a COVID-19U07.1 -COVID-19 cu virus identificat = valabil pentru cazurile CONFIRMATEU07.1 -COVID-19 cu virus neidentificat = valabil pentru cazurile SUSPECTE.
Comentarii